El Manantial de la Media Luna es uno de los ecosistemas lacustres representan sitios de importancia relevante por la abundancia de elementos bióticos raros (endemismos) y de formas de vida inusual. Los manantiales de tipo vaclusiano son sitios que a nivel mundial solo se presentan en contadas regiones siendo una de ellas el Valle de Rioverde. La importancia de este humedal radica en que son ecosistemas en peligro de extinción que constituyen un refugio de especies de aves migratorias y representa una importante zona de conservación para muchas especies.
Biodiversidad:
Flora: La flora representativa corresponde al mezquital en la que el estrato arbóreo está representado pormezquite y huizache. La vegetación ribereña que se encuentra a orillas de canales y arroyos con la presencia de sabinos, sauce y carrizo.
Fauna: De los vertebrados, el grupo más importante es el de los peces. Dentro de los peces, existentes reportados como endémicos del noreste de México y algunos solo de la Media Luna y que se encuentran en peligro de extinción se tienen 4 especies de mojarras del género Cichlasoma, 3 de Dionda, 2 géneros unitipicos el pez perritoCualac y Ataeniobius. Dentro de los anfibios se tienen los sapos y ranas y de los reptiles se tienen 5 familias de las órdenes Sauria lagartijas, Colubridae culebras y víboras y Quelonia tortugas tanto acuáticas como terrestres. A pesar de la pequeña extensión de las lagunas, pueden considerarse como ricas en número y diversidad de aves ya que se identificaron 52 especies, 8 órdenes, 18 familias en donde se pueden encontrar: ganso, ganso careto, pato golondrino, pato de collar, pato cucharon norteño y pijije ala blanca. De los mamíferos se identificaron 10 especies, fueron 3 de roedores ratones, 2 de lagomorfos liebres y conejos, 3 carnívoros coyote, lince, mapache y 2 artiodáctilos venado y jabalí.